1954 წელს დაამთავრა თბილისის სახელმწიფო უნივერსიტეტის ისტორიის ფაკულტეტი. სამეცნიერო მოღვაწეობა დაიწყო 1958 წლიდან. 1958-1968 წლებში იყო ხელნაწერთა ინსტიტუტის უმცროსი, ხოლო 1988-2004 წლებში უფროსი მეცნიერ თანამშრომელი. 1964 წელს დაიცვა საკანდიდატო დისერტაცია თემაზე: “XII-XIIIსს. ქართულ და ბიზანტიურ მოხატულ ხელნაწერთა ურთიერთმიმართებისათვის” , ხოლო 1987 წელს დაიცვა სადოქტორო დისერტაცია თემაზე: “XI-XIVსს. ქართული ოთხთავის დეკორატიული მორთულობის სისტემა”. ელენე მაჭავარიანის კვლევის სფერო იყო შუასაუკუნეების ხელნაწერი წიგნის გაფორმება, ასლების გადაღება ორნამენტებიდან, მინიატურებიდან და ძველი დამწერლობის წიგნებიდან. 2004-2009 წლებში იყო ხელნაწერთა ინსტიტუტის მეცნიერ-მკვლევარი, ხოლო 2009 წლიდან ხელნაწერთა ეროვნლი ცენტრის ხელოვნებათმცოდნეობის დეპარტამენტის მთავრი სპეციალისტი. ელენე მაჭავარიანი ასევე კითხულობდა შემდეგ ლექციების კურს: “ხელნაწერი წიგნის მხატვრული მორთულობა”. 2000 წლიდან მუშაობდა თბილისის სასულიერო აკადემიის ქრისტიანული ხელოვნებათმცოდნეობის ფაკულტეტზე, სადაც კითხულობდა შემდეგ სალექციო კურსებს: “ხელნაწერი წიგნის სამინიატურო ხელოვნება”და “ქართული და მწერლობა”. ელენე მაჭავარიანი მონაწილეა ქართულ-ბიზანტიური, ქართულ-სომხური ხელოვნების და ქართულ-ებრაული ურთიერთობებისადმი მიძღვნილი საერთაშორისო კონფერენციების, სიმპოზიუმებისა და კონგრესებისა (1975-1976 წლები - ლენინგრადი), ( 1979 წელი - ერევანი), (1980 წელი მოსკოვი), (2005 წელი - ვენა), 1970 წელს მონაწილეობდა წიგნის IX საერთაშორისო კონკურსში მოსკოვში. 2000 წლიდან ელენე მაჭავარიანი თბილისის სახელმწიფო სამხატვრო აკადემიის პროფესორი იყო, ხოლო 1988-2005 წლებში გიორგი ჩუბინაშვილის სახელობის ქართული ხელოვნების ისტორიის ინსტიტუტის სადისერტაციო საბჭოს წევრი. 1988-2006 წლებში კორნელი კეკელიძის სახელობის ხელნაწერთა ინსტიტუტის სამეცნიერო საბჭოს წევრი. 2006 წლიდან დღემდე საქართველოს ტექნიკური უნივერსიტეტის ჰუმანიტარულ-სოციალური ფაკულტეტის სადისერტაციო კოლეგიის წევრია. ელენე მაჭავარიანი მუდმივად მუშაობდა ვენის, მოსკოვის, პეტერბურგის წიგნსაცავებში ქართულ და ბიზანტიურ მოხატულ ხელნაწერებზე, მოსკოვის ხელნაწერი წიგნის სარესტავრაციო განყოფილებებთან. 2010 წლიდან მხატვარ-კალიგრაფისტთა კავშირის წევრია. მისი პერსონალური გამოფენები მუდმივად იმართებოდა სქართველოსა და მის საზღვრებს გარეთ სხვადასხვა წლებში. 1970 წელს ელენე მაჭავარიანი დაჯილდოვდა ივანე ფეოდოროვის სახელობის დიპლომით წიგნისათვის: “ქართული ხელნაწერები”. 2009 წელს მიიღო საქართველოს ეროვნული აკადემიის კორნელი კეკელიძის სახელობითი პრემია ნაშრომთა ციკლისათვის: “ქართული სამწიგნობრო ცენტრებში შექმნილ ხელნაწერთა მხატვრული მორთულობის საკითხები’’. ამავე წელს დაჯილდოვდა პარნასის სიგელით - “წლის ალბომი”, წიგნისათვის, “ქართული დამწერლობა”. ავტორია 7 წიგნისა და 50-ზე მეტი ნაშრომის.